馬克思主義學院是由浙江海洋大學黨委和行政領導的教學科研單位，承擔著全校思想政治理論課的教學科研任務。學院現有“四室”、“三中心”、“兩基地”、“一所”。“四室”為：思想道德修養與法律基礎教研室、馬克思主義基本原理教研室、馬克主義中國化教研室和中國近現代史綱要教研室；“三中心”為：中國特色海洋觀研究中心（習近平海洋思想研究中心）、德育與社會治理研究中心、浙江舟山群島新區研究中心；“兩基地”為：浙江省中國特色社會主義理論體系研究中心浙江海洋大學基地、全國海洋意識教育基地；“一所”為舟山市和學校共建的港臺僑研究所。另有浙江省社會學會海洋社會學專業委員會掛靠學院。
學院現有專任教師23名，其中教授4名，副教授14名。專任教師中具有博士學位5人，碩士學位14人。
學院在全校開設《思想道德修養與法律基礎》、《馬克思主義基本原理》、《毛澤東思想和中國特色社會主義理論體系概論》、《中國近現代史綱要》和《形勢與政策》五門課程。
近年來，學院重視教學改革，把提高課堂教學效果，提升學生對思政課的認可度和滿意度作為改革的目標，取得了明顯的效果。在2013—2015年浙江省教育廳舉辦的第二屆、第三屆、第四屆全省高校思政課教學比賽中，我校有3名教師獲得一等獎。3位教師還代表浙江省高校參加了長三角地區高校思政課教學比賽，均榮獲三等獎，為我校也為全省高校贏得了榮譽。1位教師的教學視頻被浙江省教育廳推薦至教育部，作為“精彩一課”教學示范課廣泛傳播。
學院在思政課教學中，積極融入海洋意識教育和國家海洋戰略思想，獲得了國家海洋局授予的“全國海洋意識教育基地”稱號。
學校重視德育社會實踐，把社會實踐的成果匯編成《藍色報告》系列叢書，該書得到時任浙江省委書記的習近平同志的批示與肯定，并獲得浙江省教學成果二等獎。
學院強調教學與科研并舉，2014年以來，獲得省部級科研項目近10項，地廳級項目30多項。有10多篇（部）論文和著作獲省哲社規劃辦、省社科聯、教育廳、省級學會、市政府、市社科聯等單位二等獎以上榮譽。
近年來，學院全體教師圍繞大學生海洋觀教育研究、大學生信仰觀研究、海洋社會學研究、臺海問題研究等幾個方面不斷深化，形成了較鮮明的研究特色，奠定了在全省高校中的學術地位。
學院教師積極融入地方服務工作，參加舟山市法學會、婦女研究會、歷史學會、哲學學會、科學社會主義學會等社會團體，依托浙江舟山群島新區研究中心，參與新區的各項研究、咨詢工作，參與舟山市各縣區服務對接工作，參與“舟山市法治與民主研究中心”、“舟山市協商民主研究中心”等研究平臺建設，全面融入新區的建設與服務。