生物信息學院成立于2000年，圍繞健康信息領域開展科學研究、人才培養和“產學研用”地方經濟服務。具備數字醫療儀器、醫學信息軟件、生物信息領域的本科生和研究生培養能力。所培養人才遍布在科研院所、數字醫療儀器企業、醫藥衛生機構，具備極高的美譽度和影響力。以健康信息為特色的生物醫學工程和生物學學科在重慶和西部影響力巨大，在國內極具知名度。
學院現設有“兩系兩辦一中心”，即生物醫學工程系、生物信息系、學生工作辦公室、學院辦公室和實驗中心，擁有重慶市醫用電子與信息技術工程研究中心、生物大數據智能重慶市重點實驗室、數字醫療裝備與系統重慶市工程實驗室等重要科研機構，建有 “動植物基因司法鑒定中心及重慶市紅十字會救護技能培訓中心”。
依托“互聯網+”、大數據、健康中國2030規劃等重大國家戰略，面向智慧醫療、健康信息等產業的高速發展，秉承“創新驅動、精英培養”的理念，以“信息技術+專業”為人才培養優勢，以科技創新素質養成為特色，培養信息技術在醫療裝備、健康信息、生物大數據等領域中應用的高級專門人才。學院建有廣獲好評的科研班、宜倫實驗班和眾創空間，鼓勵學生參與創新創業及各類科技競賽，近年來獲中國“互聯網+”大學生創新創業大賽等獎勵國家級50余項、省部級100余項。升學率、畢業率、授位率、就業率一直保持學校前茅。
學院擁有生物醫學工程和生物學碩士授權點，同時在兄弟學院聯合招收培養信息類學科博士和碩士研究生。現有生物醫學工程、生物信息學、醫學信息工程3個本科專業，其中生物醫學工程為重慶市該領域首批“三特”專業和重慶市一流專業；生物信息學是西南地區建立最早的生物信息學專業，與美國Nicholls State University開展 “2+2”聯合培養，畢業生可授予中美雙學位。與美國喬治華盛頓大學合作開展3+2模式數據科學專業（MS in Data Science）碩士研究生培養項目。在校全日制本科生697人，全日制研究生68人。
學院現有教師59人，專任教師48人。正高級職稱13人，副高級21人，博士41人。兼職教授7名。博士/碩士研究生導師35人，省（部）級以上人才8人，人才隊伍國際化和區域影響力居學校第一。北京大學原校長許智宏院士、喬治華盛頓大學曾辰教授等一批著名專家為學院特聘或外聘教授。
學院獲批建設有重慶市醫用電子與信息技術工程研究中心、重慶市數字醫療裝備與系統工程實驗室、生物大數據智能重點實驗室，三個類型的重慶市重點科技平臺打通了基礎研究、技術研發和產品產業化的完整鏈條。與兄弟學院共建重慶市唯一的智慧醫療系統與核心技術創新團隊。獲得6次中央與地方共建實驗室建設項目，擁有2500多萬元教學科研儀器。近年來主持和承擔了科研項目200多項，發表科研論文600余篇，出版學術專著7部，獲得國家專利100多項，國家級獎勵1項，省部級獎勵6項。
高度重視對外交流，與北京大學、清華大學、中國軍事科學院、陸軍軍醫大學，美國馬里蘭大學、喬治華盛頓大學、EBI、Nicholls州立大學、華大基因、重慶西山科技等單位在健康信息領域進行深度科技交流與合作。
學院地處鳥語花香，悠遠厚重的南部校區；全院師生努力拼搏，奮力建設一流的醫用電子與生物信息學科；形成了“健康、和諧、朝氣”的學院文化氛圍。