生態學科于2001年經教育部批準設置生態學本科專業并招生，同年獲得生態學專業碩士學位授予權；2003年獲得生態學專業博士學位授予權，同年生態學科被批準為安徽省重點學科；2011年獲得生態學一級學科博士學位授予權。本學科在揚子鱷保護研究領域具有很高的國際關注度。研究成果多次在中央電視臺科學頻道報道。

本學科師資力量強，專任教師中，教授11名、副教授12名、講師5名。專任教師全部具有博士學位，其中1人獲國外博士學位，7人有海外留學經歷。擁有講席教授1名、安徽省學術和技術帶頭人（1人）及后備人選（2人）共3名。綜合素質良好的師資隊伍為人才培養奠定了基礎條件。
本學科博士學位授權點下設種群與群落生態學、保育生態學、進化生態學、污染生態學等4個研究方向。在輪蟲種群生態學及進化生態學、瀕危動物的遺傳多樣性與系統進化關系、魚類群落生態學及漁業資源保護和利用、水生態毒理學及水環境監測、污染土壤的生態修復與治理以及昆蟲群落生態學等研究領域具有明顯優勢。
生態學作為安徽省重點學科，擁有安徽省重要生物資源保護與利用研究重點實驗室、安徽省高校生物環境與生態安全重點實驗室，擁有安徽省生物標本資源數字化公共服務平臺、皖江城市帶退化生態系統的恢復與重建省級協同創新中心、安徽師范大學—中國科學院東湖生態站大學生校外實踐教育基地。
十二五期間，2個一級學科共主持各類科研項目90余項，累計科研經費2600余萬元（不包括各種平臺建設經費）；發表SCI(E)收錄論文200余篇；獲安徽省自然科學獎二等獎、三等獎各1項；1人獲得“全國優秀科技工作者”稱號；1人獲得“全國模范教師”，1人獲安徽青年科技獎。1篇生態學博士學位論文獲安徽省優秀博士學位論文，是迄今為止安徽省唯一一篇生態學科的省級優博論文。高質量的研究工作，擴大了學科的學術影響，提升了服務能力，為社會做出了重要貢獻。