水文水資源學院前身為1952年建立的華東水利學院水文系；1984年更名為水資源水文系；1995年，學校內部機構調整，水資源水文系和環境科學與工程學院合并，成立水文水資源及環境學院；2002年，調整為水資源環境學院；2007年更名為水文水資源學院。
1952年著名水文學家劉光文教授等創建新中國第一個水文系，1954年，創建我國第一個陸地水文本科專業，并于1955年開始招收研究生，是我國第一批培養研究生的學科點。1981年首批獲得學士、碩士和博士學位授予權。1988年水文學及水資源學科被評為國家重點學科（該學科全國唯一），之后2002和2007年連續兩次又被評為國家重點學科。1993年建成水資源開發利用國家專業實驗室，2001年，獲批設立水資源開發教育部重點實驗室，2004年獲批為水文水資源與水利工程科學國家重點實驗室。2005年獲批建設水資源高效利用與工程安全國家工程研究中心。1996、2002和2008年水文學及水資源學科分別列入“九五”、“十五”和“十一五”國家“211工程”重點學科建設項目。2008年水文學及水資源學科創新引智基地入選教育部、國家外國專家局“高校學校學科創新引智計劃”(111計劃)。2008年經教育部、財政部批準建設“全球水循環與國家水安全”優勢學科創新平臺（俗稱“小985”）。
學院現設有水文與水資源工程系、水務工程系和城市資源環境系；水文預報研究所、工程水文及水文氣象研究所、水資源研究所、水文水利自動化研究所、城市水務工程研究所、水生態環境研究所、干旱研究所、中德水資源研究所；全球變化與水循環研究中心、平原河流與湖泊水文研究中心；河海大學水問題研究所和國際河流研究所；水資源環境實驗中心。1997年，聯合國教科文組織通過專門議案，在我校設立UNESCO國際水文水資源及環境培訓與研究中心。學院現有教職工104人，教授34名，博士生導師28名，副高30名,享受國務院政府特殊津貼專家4名，新世紀“百千萬工程”國家級人選1名，雙聘院士5名。
學院擁有水利學科博士后流動站；三個博士學位授權點：水文學及水資源、城市水務、生態水利學；五個碩士學位授權點：水文學及水資源、城市水務、生態水利學、自然地理學和人文地理學，并招收水利工程碩士學位研究生；設有水文與水資源工程、水務工程、自然地理與資源環境三個本科專業。60多年來，已培養本、專科畢業生近10000名，研究生2000多名；獲得 全國優秀博士論文和論文提名各1篇，國家級教學成果獎1項，國家精品課程2門，國家雙語教學示范課程2門，中國大學精品視頻公開課1門，國家級教學團隊1支，國家首批特色專業1個，國家級水利學科專業、水利工程實驗教學示范中心各1個。2000年以來主持與承擔1200余項包括國家“973”課題、“863”課題、國家自然科學基金重大、重點項目、國家科技攻關和直接服務于國民經濟建設的科研項目，經費總額4.1億元，發表論文3500余篇，出版專著和教材60多部，獲部省級以上科技獎60余項，其中國家科技獎6項，參與國際學術交流500多人次，擁有教育部長江學者創新團隊。
多年來，學院一直秉承“繼承與發展”的方針，注重學術積累，已逐步形成覆蓋水文、水資源、水環境及3S技術應用領域的比較穩定的研究方向，有一支理論基礎深厚、實踐經驗豐富的老、中、青相結合的學術帶頭人和學術骨干隊伍，有全國較齊全的水文圖書資料和先進的實驗研究設施，并與國內外水文水資源領域著名的學術機構建立了良好的合作關系。學院緊密跟蹤與引導學科發展趨勢，積極參與解決國民經濟建設中的重大水文水資源及環境問題，總體上居國際先進水平。