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我校生態學科是一級學科碩士點，2012年被確立為江蘇省重點培育學科。利用我校多學科優勢，形成了學科交叉互補、知識結構合理的研究團隊，使生態學科從經典的個體、種群研究發展到以研究自然-經濟-社會復合生態系統為重點，以生態產業、生態功能為研究方向。
目前，生態學設有資源與環境生態、污染生態與生態毒理和動物分子生態與系統進化三個招生方向。主要研究內容如下：
資源與環境生態：微生物資源與生物技術、動物生態學、保護生物學、微生物資源級分子生物學、微生物分子生態學及微生態制劑等；
污染生態與生態毒理：環境因子的生態毒理學效應、農業污染生態等；
動物分子生態與系統進化：動物分子生態、昆蟲遺傳與分子進化等。