生態與環境學院是云南大學國家“雙一流”建設中“生態學與地球環境學科群”主要承擔單位，作為教育部認定的國際一流建設學科，云南大學生態學早在1956年就開始培養研究生，1989年就獲得博士學位授權點，2002年入選國家重點學科，2012年全國學科評估中名列第二（并列），2017年全國學科評估進入A類學科。目前，學院有生態學、環境科學與工程2個本科專業，其中生態學和環境科學為國家特色專業和云南省重點專業；擁有生態學一級學科博士（碩士）學位授權點（2012）和生態學博士后科研流動站（2013），形成了"學士—碩士—博士—博士后"完整的人才培養體系。
云南大學的生態學科發軔于1937年，當年世界著名數學家、教育家熊慶來教授擔任云南大學校長后，認為云南生物資源、生態環境優勢獨特，開展生物、生態學研究占有地利而學術影響甚大，在1938年成立了生物系，生態學作為一個重要內容溶于生物學各方面的工作中。此事正值抗日戰爭，國內生物學界一批精英薈萃在云南大學，在生物資源調查、植物和動物分類與系統學研究、植物群落分類與分布規律及生物多樣性多個領域取得了重要成果。尤其是20世紀50年代以來，國際公認的法、瑞地植物學派國內主要代表人之一的朱彥丞教授，英美植物生態學學派國內重要代表人之一的曲仲湘教授和一批蘇聯學者前來云南大學開展研究，匯集國際三大生態學派，生態學蓬勃發展，成為我國生態學高等學校師資和人才培養的重要核心。1997年生物學和化學結合組建了生命科學與化學學院，2002年4月生物學科又重組為生命科學學院， 2014年生命科學學院把從事生態與環境研究師資隊伍進行調整，經整合組建了生態學與環境學院。
生態學與環境學院是以生態學為優勢學科、支持和驅動環境學科發展、特色顯著的學院。生態學經過70多年的積累和持續建設，在國內外具有重要的學術影響，特別是20世紀90年代，生態學作為省級重點學科和國家“211工程”的重點學科得到了持續建設和發展，“十五” 、“十一五”連續入選為國家級重點學科，成為本學科領域在西南地區唯一的國家級重點學科。早在1956年生態學就開始招收研究生，1986年獲得生態學碩士授權單位，1989年獲得博士授權點。云南大學以此為基礎于2002年獲得植物學、微生物學博士點，2004年獲得生物學一級學科博士點。作為全國四家發起單位之一，經過10多年的積極倡議和行動終于在2011年使國家將生態學調整為一級學科，策應和支撐了國家生態文明發展戰略。
全院現有教職工55人，其中正、副教授28人，博士生導師5人，碩士生導師29人。擁有博士學位、主持國家級科研項目和海外學習經歷的教師比例90%以上，有國務院學位委員會學科評議組成員、國家“萬人計劃”教學名師、國家級教學名師、云嶺學者1人；國家杰出青年基金獲得者、國家新世紀百千萬人才、中科院百人計劃獲得者、云嶺學者1人；省創新團隊1支，省教學團隊1支。學院主持有國家重大科技水專項、國家重點研發計劃課題、國家自然科學基金－云南省聯合重點項目等一系列科研課題；主持國家級專業綜合改革試點項目1個，國家精品課程2門，國家級精品資源共享課程1門，國家級精品視頻公開課1門。學院與美國、加拿大、德國、比利時、日本等國內外多所著名高校和國際組織保持著良好的合作交流關系，有云南省高原山地生態與退化環境修復重點實驗室、云南省生態文明建設智庫、云南省生態建設與可持續發展研究基地，云南省高校高原山地生態與資源環境重點實驗室等科研平臺，還聯合共建國家重點實驗室培育基地2個。還建設有聯合國教科文組織生態技術教席點、中加高原湖泊研究中心、云南省高原湖泊及流域生態修復國際聯合研究中心等國際合作研究與人才培養平臺。
學院以人才培養為中心，以學科建設為重點，以爭取重大項目為突破口，以優化重組資源為手段，以激活資源、優化機制、驅動創新為工作內容，著力推進創新型學院、活力型學院、和諧型學院的建設與發展，科學研究、人才培養、社會服務各方面顯示出強勁的發展勢頭。